Данная игровая механика является не очевидной, т.к. не очень удачно расположена сама кнопка Избранное.
Нужно навести мышкой на кнопку Карта вселенной и подождать - появится контекстное меню.

В самом окне стоит обратить внимание на сортировку колоний справа (в том числе и с помощью групп), также возможность через чекбоксы работать с командами загрузки/выгрузки по списку.

Рассмотрим пример: нам необходимо достроить некоторые здания на 5 планетах.

1. Добавляем в органайзер список зданий, которые нужно построить.
   
2. Открываем вкладку нашего толстого флота.
   
3. Нажимаем кнопку «загрузить по списку».
   
4. Указываем множитель, равный количеству планет, на которые мы будем развозить материалы и ставим галочку «останавливать при нехватке». Жмём ОК. В результате в командный лист добавятся команды по загрузки необходимых материалов с нужным множителем.
   
5. Переходим в окно Избраное. Выбираем чекбоксами необходимые колонии для развоза.
   
6. Нажимаем на кнопку Выгрузить по списку в Избранном. В результате появится окошко с данными о материалах и множителях, ничего не меняя жмём OK - создаётся командный лист, с полётом к каждой выбранной чекбоксом колонии и выгрузки нужного набора материалов.
7. Жмём кнопку Сохранить в буфер обмена напротив материалов в органайзере.
8. Жмём Загрузить из текста в окне выгрузки из трюма и вставляем скопированные из органайзера в 7 пункте материалы. Прожимаем два раза OK
   
9. Жмём Старта во флоте, чтобы начать развоз материалов.